时空基因组分析揭示胃癌进展中的克隆动态

研究背景

本文标题为《时空基因组分析显示肠道化生中的克隆动态与胃癌进展》，于2023年12月在《Cancer Cell》期刊上发表，影响因子为5.03。研究使用了单细胞测序、GeoMx DSP、全外显子测序（WES）和大规模RNA测序等实验平台，结合定制的胃癌基因组面板（包含277个基因，源自TCGA及其他研究中的突变基因）。

样本信息

本研究选取了2980名年龄在50岁及以上的中国患者，时间跨度为2004年至2015年，取样区域涵盖多个胃部区域（如幽门、胃体和贲门）。

单细胞空间组学的应用

单细胞测序分析

研究首次通过对10名非癌症受试者的scRNA-seq进行分析，鉴定出4个主要细胞分类，包括胃细胞群、肠道细胞群、免疫细胞群和基质细胞群。研究进一步专注于胃和肠谱系的亚群注释，确认了两种胃细胞和四种肠细胞类型。细胞比例分析显示，肠道细胞和胃细胞的比例减少与肠道化生（IM）的严重程度相关。值得关注的是，SOX9在特定细胞类型（如胃LYZ+细胞和肠道干细胞）中的表达水平显著提高。

GeoMx DSP分析

研究对8名胃癌患者的组织切片进行了GeoMx DSP检测，并结合scRNA-seq数据来确定各细胞类型的空间分布。每个肠道化生区域被标记为“干细胞显性”或“肠细胞显性”。富集分析显示，干细胞显性IM区域中氧化磷酸化基因集的过表达，这些基因在胃癌区域同样显著表达。通过对肠干细胞和肠细胞标记物进行分层聚类，发现干细胞显性IM与胃癌具有相似的表达特征，而肠细胞主导型IM则显示出明显的异质性，即使在同一受试者中，IM的表现也展现出显著的差异。

研究总结

这项研究通过结合单细胞空间数据分析，揭示了肠道细胞和胃细胞与肠道化生严重程度的相关性，以及干细胞显性IM与恶性细胞群的相似表达特征。同时，SOX9在特定细胞类型中的高表达提供了潜在的生物标志物，可能为胃癌的早期检测与干预提供新的方向。人生就是博-尊龙凯时希望通过此研究，引导更多聚焦于胃癌相关的基础与临床研究，以改善患者的生活质量。